Фамилия Муденко — один из примеров того, как неочевидная на первый взгляд основа может указывать на конкретное занятие или особенность предка. Вопреки возможной ассоциации с чем-то «мудрёным», корень здесь, скорее всего, связан с украинским или южнорусским диалектным словом «муд» — так в некоторых говорах называли мошонку. Прозвище Мудо или Мудь давали человеку с заметной физической особенностью, либо, в переносном смысле, — нерасторопному или ленивому (отсюда и «мудствовать» в значении «медлить»).

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -енко указывает на украинское происхождение. В XVII–XVIII веках этот патронимический суффикс (со значением «сын» или «потомок») массово закреплялся за казаками и крестьянами Левобережной Украины. То есть Муденко — буквально «сын Мудя» или «потомок того, кого прозвали Мудом». Ономасты, в частности Борис Унбегаун, относят подобные фамилии к разряду «непристойных» прозвищных основ, которые нередко встречались в казачьей среде и не считались оскорбительными в быту.

Встречается фамилия и в русских регионах, граничащих с Украиной — в Курской, Белгородской, Воронежской областях. Там суффикс -енко мог прижиться уже как фамильный, без прямой связи с украинским происхождением носителя. Спорных версий немного: иногда корень пытаются возвести к церковному имени Муд (от греческого «мудрость»), но это натяжка — такого имени в святцах нет.

Социальный контекст у Муденко простой: это фамилия крестьянская или казачья, без дворянских ответвлений. В XIX веке её носители числились в основном среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний. Никакой особой географической привязки к одному селу нет — фамилия рассредоточена, но не частотна.