Фамилия Мудугов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет славянского корня, который сразу подсказал бы ремесло или внешность предка. Всё указывает на восточные, скорее всего, тюркские или кавказские истоки.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия построена по классической русской модели с патронимическим суффиксом -ов. Это значит, что в основе лежит личное имя или прозвище Мудуг, а сама фамилия отвечает на вопрос «чей сын?» — сын Мудуга. Форма без суффикса -ин указывает на то, что основа не оканчивалась на -а или -я, что типично для заимствованных имён.

Ключ к разгадке — в основе «Мудуг». Здесь есть две основные версии. Первая связывает её с тюркским словом «мудук» или «мудуг», которое в некоторых диалектах (например, кумыкском или ногайском) означает «упрямый», «своенравный» или «обидчивый». Прозвище могли дать человеку с непростым характером. Вторая, более правдоподобная с точки зрения антропонимики, отсылает к арабскому имени Мудуд (вариант произношения — Мудуг), которое восходит к корню со значением «протяжённость», «длительность». В мусульманской традиции такие имена могли давать с пожеланием долгой жизни.

Географически фамилия Мудугов встречается в основном на Северном Кавказе, особенно в Дагестане и Чечне, а также среди ногайцев и кумыков. Это подтверждает версию о тюрко-кавказском происхождении. В русских архивных документах XIX века фамилия почти не фиксируется, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда у горских народов начали массово закрепляться фамилии по русскому образцу.

Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилию Мудуев, где суффикс -ев указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или «й». Разница в написании (Мудугов против Мудуев) может быть следствием разного диалектного произношения исходного имени или ошибки писарей при записи. Таким образом, предок современных Мудуговых, скорее всего, был человеком по имени Мудуг — либо упрямым горцем, либо тем, кому желали долгих лет.