Фамилия Мудуев — редкий случай, когда корень не поддаётся однозначной интерпретации, и это делает её особенно интересной для этимолога. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён, здесь основа неочевидна и требует разбора по географическому и языковому следу.

Словообразовательная модель типична для русского Северного Кавказа и Поволжья: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), а основа Муду- скорее всего восходит к личному имени или прозвищу. Самая вероятная версия ведёт к тюркским или кавказским языкам. В чеченском и ингушском языках есть основа муд — «смысл», «разум», а также имя Муда (встречается у вайнахов). Суффикс -у может быть уменьшительно-ласкательным или диалектным окончанием. Тогда Муду — это «рассудительный», «умный», а Мудуев — «сын Муду».

Вторая гипотеза, менее распространённая, связывает фамилию с аварским словом мудур — «родник», «источник». В этом случае Мудуев могло быть прозвищем человека, жившего у родника, или топонимической фамилией, данной по названию селения. В Дагестане действительно есть хутор Муду, откуда могли пойти носители фамилии.

Третья версия — искусственная или канцелярская. В XIX веке при переписях и выдаче паспортов горцам часто записывали фамилии на слух, искажая до неузнаваемости. Мудуев могло возникнуть из более длинного имени (например, Магомед-Мудуев, сокращённого до Мудуев) или из осетинского Муду (как вариант имени Мудар).

Географически фамилия тяготеет к Чечне, Ингушетии и Дагестану, реже встречается в Осетии и Ставропольском крае. В центральной России она практически неизвестна. Сословно предки Мудуевых, скорее всего, были свободными горцами-общинниками, а не крепостными, так как на Кавказе крепостное право не имело массового распространения.

Единого «правильного» значения нет, и это нормально для фамилий, возникших на стыке языков и культур. Человек с фамилией Мудуев может с равной вероятностью происходить от «умного» предка, от родникового ключа или от горного аула.