Фамилия Муфтахитдинова — редкий пример фамилии, образованной от полного арабского теофорного имени (содержащего в себе элемент «дин» — «вера, религия»). В основе лежит мужское имя Муфтахитдин, которое можно перевести как «ключ веры» или «открывающий врата религии» (от араб. «мифтах» — ключ, и «дин» — вера). Такие имена были распространены в среде мусульманского духовенства и образованных слоев татар, башкир и других тюрко-мусульманских народов Российской империи.

Модель образования фамилии типична для татарской и башкирской ономастики: к полной форме имени отца добавляется русский суффикс притяжательности -ов/-ев, а для женщин — -ова. В данном случае мы видим женский вариант Муфтахитдинова, что означает «дочь (или жена) Муфтахитдина». Мужская форма — Муфтахитдинов — встречается чаще и фиксируется в метрических книгах мечетей Оренбургской, Уфимской и Казанской губерний с середины XIX века.

Интересно, что имя Муфтахитдин не было широко распространено в народе — оно скорее книжное, богословское. Это намекает на то, что первый носитель имени (а значит, и родоначальник фамилии) мог быть муллой, хазратом или учеником медресе. В отличие от фамилий, образованных от бытовых прозвищ или профессий (например, Кузнецов или Сапожников), Муфтахитдинова прямо указывает на религиозный контекст происхождения семьи.

Фамилия нечастотна даже в Татарстане и Башкортостане. Среди известных носителей преобладают женщины, что объясняется преобладанием женской формы в документах советского времени (паспорта, прописка). Мужская форма Муфтахитдинов встречается в основном среди старшего поколения, а также в немногочисленных записях о репрессированных 1930-х годов — в списках «церковников и сектантов» эта фамилия иногда фигурирует, что косвенно подтверждает принадлежность семьи к мусульманскому духовному сословию.