Фамилия Муфтахотдинов — одна из тех, где ключ к происхождению лежит в самом имени, а не в прозвище или ремесле. Её основа — арабское составное имя Муфтахотдин, которое переводится как «ключ веры» или «отмычка религии». Первая часть, «муфтах», означает «ключ», вторая — «ад-дин» (религия, вера). Такие имена с компонентом «дин» (Нуртдин, Сафиуллин, Габдуллин) широко распространены в исламской традиции, особенно среди татар и башкир.

Русский суффикс -ов, добавленный к восточному имени, превратил его в фамилию по стандартной модели XIX века. Форма Муфтахотдинов — это буквально «сын (потомок) Муфтахотдина». Интересно, что в татарской среде фамилии часто образовывались без суффикса (просто имя), но в русскоязычном документообороте, особенно после переписей, суффикс -ов стал почти обязательным. Поэтому Муфтахотдиновы — это, скорее всего, татары или башкиры, чьи предки получили фамилию при оформлении метрик или ревизских сказок.

У фамилии есть вариант написания с одной «т» — Муфтаходинов. Встречается он реже, но объясняется просто: в устной речи долгое «т» могло сокращаться, а при записи на слух — теряться. Оба варианта восходят к одному имени, разница только в орфографической традиции. Географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в регионах с компактным проживанием татар — в Оренбургской, Челябинской областях.

Сословная принадлежность предков Муфтахотдиновых не восстанавливается по одной фамилии. Среди носителей могли быть и крестьяне, и муллы, и купцы — имя «ключ веры» нередко давали детям в семьях, связанных с религией, но это не было строгим правилом. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянство или духовное сословие, суффикс -ов здесь нейтрален и говорит только о времени оформления фамилии.