Фамилия Муфтаходинов — одна из тех, что сразу выдают сложный, составной корень. В ней отчётливо слышны два компонента: «муфтах» и «дин». Это указывает на арабское происхождение основы, что типично для фамилий, образованных от мусульманских имён, особенно в среде татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии.

Первая часть, «Муфтах», восходит к арабскому слову «мифтах» (مفتاح) — «ключ». В переносном смысле это «открывающий», «дающий начало». Вторая часть, «-один», — это русская адаптация арабского «ад-дин» (الدين) — «вера», «религия». Соединяясь, они образуют имя Муфтахетдин (или Муфтахуддин), что буквально означает «ключ веры» или «открывающий врата религии». Так могли назвать мальчика, желая ему стать духовным наставником, учёным-богословом или просто человеком, несущим свет истины. Встречается и вариант имени Муфтах, без второй части — тогда фамилия означала бы «сын Муфтаха».

Русский суффикс «-ов» в конце — стандартный для фамилий, образованных от имён на твёрдый согласный. Он показывает принадлежность: «сын Муфтахетдина». Интересно, что полная форма имени сохранилась в фамилии не полностью: от «Муфтахетдинов» до «Муфтаходинов» произошло фонетическое упрощение, когда безударный гласный «е» перешёл в «а» или выпал. Это живой процесс, характерный для устной речи.

Географически фамилия Муфтаходинов тяготеет к Волго-Уральскому региону, особенно к Татарстану и Башкортостану, а также встречается среди казанских татар и мишарей. Предок-носитель этого имени, скорее всего, был человеком грамотным, связанным с исламским образованием — муллой, учителем в медресе или просто глубоко верующим уважаемым человеком. В отличие от фамилий, образованных от профессий или прозвищ, эта несёт в себе пожелание духовного пути.

В написание фамилии иногда вкрадывается путаница: можно встретить варианты Муфтахутдинов, Муфтахидинов и даже Мухтаходинов. Последний случай — смешение с другим арабским корнем «Мухтар» («избранный»). Но исходный и правильный вариант — именно с «муфтах», «ключ».