Фамилия Мукантаев — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа встретилась с русским патронимическим суффиксом, но не самым привычным образом. Если бы фамилия оканчивалась на -ов, она бы звучала как Мукантов, и её происхождение было бы прозрачнее. Суффикс -аев (фонетический вариант -ев) здесь указывает на отчество, образованное от имени Мукантай. Именно этот элемент — конечное -ай — и даёт ключ к пониманию.

Имя Мукантай — это казахская или башкирская форма, восходящая к арабскому имени Муканна (или Мукан), что означает «скрытый», «укрытый», «закрытый». В тюркской среде к таким именам часто добавляли ласкательно-уменьшительный аффикс -тай, который превращал строгое религиозное имя в бытовое, почти прозвищное: «маленький Мукан» или «Мукан, наш». Следовательно, Мукантаев буквально означает «потомок Мукантая».

Встречается фамилия прежде всего у казахов и башкир, причём в русской записи она закрепилась именно в такой форме, без характерного для тюркских языков конечного «у» или «ы». Интересно, что в некоторых переписях XIX века можно найти вариант Мукантаевъ с твёрдым знаком, что указывает на фиксацию фамилии уже после реформы орфографии 1918 года, когда «ер» на конце исчез.

Сословно предки Мукантаевых, скорее всего, относились к скотоводам или земледельцам — типичный для казахской степи социальный слой. Однако наличие именно русской фамильной модели (а не родового имени) говорит о том, что носитель, вероятно, взаимодействовал с русской административной системой: например, проходил рекрутскую службу, получал паспорт или записывался в казачье сословие. В документах Оренбургского казачьего войска встречаются однофамильцы, что подтверждает эту версию.

Спорных версий у фамилии немного. Можно было бы предположить, что основа — монгольское «мунх» (вечный), но тогда форма была бы Мунхтаев, а не Мукантаев. Арабский корень «к-н-а» («прятать») выглядит убедительнее: в исламской традиции имя Муканна носил известный проповедник VIII века, и его популярность в Средней Азии объясняет появление производных форм у тюркских народов.