Фамилия Мухалайне — редкий для России случай, когда финская модель образования фамилий пробилась в русский быт. Основа здесь — личное имя или прозвище Мухала (Muhala), а суффикс -йне (в финской орфографии -nen) — это типичный финский патронимический формант, соответствующий русскому «-ов» или «-ин». В дословном переводе Мухалайне означает «из рода Мухала» или «мухаловский».

Исходное имя Мухала скорее всего восходит к финскому слову muhu — «шишка», «нарост», или к глаголу muhia — «торчать», «выпирать». Прозвище могли дать человеку с заметной внешней особенностью: родинкой, шишкой на лбу или просто коренастому, плотному мужчине. В карельских и финских говорах встречается и вариант muhalainen — «житель местности Мухала», то есть фамилия могла быть топонимической, указывая на хутор или деревню, откуда человек родом.

В России фамилия Мухалайне встречается в основном в Республике Карелия и Ленинградской области — там, где исторически жили ингерманландские финны и карелы. В XIX веке многие финские крестьяне не имели фамилий, а пользовались отчествами или дворовыми прозвищами. Фамилию Мухалайне могли официально закрепить за семьёй при переписи или после отмены крепостного права в Великом княжестве Финляндском (1860-е годы). По сословной принадлежности носители — почти всегда крестьяне или ремесленники, никакого дворянства за этой фамилией не числится.

Интересно, что в финском языке суффикс -nen не склоняется по падежам, как русские фамилии: мы говорим «у Мухалайнена», а не «у Мухалайне». В России же фамилию часто русифицируют, и носители начинают склонять её по мужскому роду (Мухалайне — Мухалайнена), хотя по правилам финского языка она остаётся неизменяемой. Это типичная история для фамилий, попавших на стык двух культур.