Фамилия Мухалев — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа скрывает как минимум два разных источника. На первый взгляд кажется, что корень «мух» отсылает к насекомому, но в русских фамилиях этот корень чаще указывает на человека, а не на муху.

Самая вероятная версия — происхождение от крестильного имени Мухал. Это народная форма канонического имени Михаил, распространённая в старых русских говорах. Уменьшительно-ласкательные варианты вроде Муха, Мухаля, Муханя давали начало фамилиям Мухин, Муханов и Мухалев. Суффикс «-ев» в данном случае стандартный патронимический: Мухалев буквально значит «сын Мухаля», то есть потомок Михаила. Эта модель хорошо прослеживается в документах XV–XVII веков, где крестьяне и посадские люди записаны как Мухалевы.

Вторая версия — прозвище Муха. В говорах «мухой» могли назвать суетливого, назойливого или просто очень быстрого человека. Но здесь важно учесть: прозвище Муха давало бы фамилию Мухин, а не Мухалев. Чтобы получить Мухалев, прозвище должно было звучать как Мухаль — а это уже форма имени, а не насекомого. Поэтому версия с прозвищем менее убедительна, хотя полностью исключать её нельзя: в некоторых регионах «мухаль» означало «обманщик» или «плут» (от глагола «мухлевать»), но это диалектное значение встречается редко и не дало массовой фамилии.

С точки зрения географии, Мухалевы — фамилия не столичная, а скорее северная и волжская. Она встречается в старых переписях Вологодской, Костромской, Вятской губерний, а также в Пермском крае. Это подтверждает связь с народной формой имени, так как именно в севернорусских говорах имя Михаил часто редуцировалось до Мухал, Мухей и подобных вариантов. В южных и западных регионах фамилия редка.

Примечательная деталь: фамилия Мухалев — одна из тех, что избежала «дворянской» стандартизации. В боярских и служилых списках она почти не встречается, зато в крестьянских и мещанских — постоянно. Это значит, что предки носителей фамилии, скорее всего, были вольными или помещичьими крестьянами, а не знатным родом. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — фамилия держится на простых людях, что для русского ономастикона обычное дело.