Фамилия Мухайдинов — редкий случай, когда тюркская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом, но не напрямую, а через арабское имя. Если разобрать её по косточкам, сразу видно: перед нами фамилия мусульманского происхождения, которая закрепилась в среде татар, башкир или других тюркских народов России.

Корень фамилии — арабское имя Мухайдин (Мухиддин, Мухайиддин). В арабском языке «Мухйи ад-Дин» означает «оживляющий веру» или «возрождающий религию». Это составное имя, где «Мухйи» (оживляющий, дающий жизнь) соединяется с «дин» (вера, религия). Имя очень популярно в исламском мире, его носили многие богословы и суфийские шейхи, например знаменитый Ибн Араби, известный как Мухйиддин.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Мухайдин добавили суффикс -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: «сын Мухайдина» или «из рода Мухайдина». В тюркской среде такой способ русификации фамилий стал повсеместным в XIX–XX веках, когда при переписях и оформлении документов мусульманским именам придавали русское окончание. Поэтому Мухайдинов — это не исконно русская, а русифицированная фамилия.

Интересна орфографическая особенность. В арабском написании имя передаётся через букву «й» (Мухайиддин), но в русской записи часто выпадает одна «и» или меняется порядок гласных. Поэтому варианты Мухайдинов, Мухиддинов, Мухайетдинов — это не ошибки, а отражение разных диалектов и местных произносительных норм. Встречается и форма Мухайдинов с ударением на второй слог, хотя логичнее ударение на третий — Мухайди́нов.

Сословной принадлежности у этой фамилии нет: её носителями могли быть и крестьяне, и муллы, и торговцы. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках по Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниям фамилия фиксировалась среди татар-мишарей и башкир. Сегодня она встречается в Татарстане, Башкортостане, Челябинской и Оренбургской областях, а также в Средней Азии, куда предки могли переселиться в советское время.

Коротко: предки вашего Мухайдинова носили имя, означавшее «оживляющий веру», а саму фамилию им «выдали» русские чиновники, приписав к имени стандартное окончание -ов.