Фамилия Мухлаева — женская форма от мужской Мухлаев, и её происхождение не так очевидно, как кажется на первый взгляд. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён или профессий, основа «мухл-» не встречается ни в церковном календаре, ни в привычных ремесленных названиях. Это сразу наводит на мысль о прозвищном или диалектном корне.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «мухла» (или «мухлы») — в ряде тюркских языков так называли хитреца, проныру или человека, умеющего ловко выкручиваться из сложных ситуаций. Прозвище Мухлай могли дать не в обиду, а с оттенком признания смекалки. В русских говорах слово «мухлить» (жульничать, хитрить) — как раз оттуда, из тюркского заимствования. Таким образом, родоначальник Мухлаевых мог быть человеком изворотливым или тороватым на выдумки.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -ай: Мухлай → сын Мухлая → Мухлаев. Географически фамилия редкая, но встречается в Поволжье и на Урале — в зоне активных русско-тюркских контактов, что косвенно подтверждает восточное происхождение основы.

Менее правдоподобна версия о связи с украинским или белорусским «мухла» (мутная жидкость, грязь) — она не объясняет распространения фамилии именно в тех регионах, где фиксируются Мухлаевы. В любом случае, фамилия эта не дворянская и не книжная, а народная, прозвищная, и её носители в большинстве своём были крестьянами или посадскими людьми.