Фамилия Мухлисуллин — редкий пример фамилии, образованной от арабского имени с двойным суффиксом. В основе лежит арабское слово «мухлис» (مخلص) — «искренний, чистосердечный, преданный». Это один из эпитетов, которыми в исламской традиции наделяют верующего, свободного от лицемерия. К основе «Мухлис» добавили патронимический формант -улла, что значит «Аллаха»: Мухлисулла — «искренний слуга Аллаха» или «преданный Богу». А затем уже к этому сложному имени прирастили русский фамильный суффикс -ин, характерный для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а, -я. Таким образом, Мухлисуллин буквально означает «потомок того, кого звали Мухлисулла».

Такая модель — арабское имя + -улла + русский суффикс — типична для татарских и башкирских фамилий, которые складывались в XVII–XIX веках, когда тюркские народы Поволжья и Приуралья переходили к оседлому образу жизни и получали фамилии по отцу. Фамилия Мухлисуллин почти наверняка имеет татарское или башкирское происхождение. Встречается она в основном в Татарстане, Башкортостане и среди татарской диаспоры в других регионах России.

Интересная деталь: в арабской графике имя Мухлисулла пишется слитно, но при передаче кириллицей иногда возникают варианты — Мухлисуллин, реже Мухлисулин (с одной «л»). Двойное «л» в суффиксе -уллин — норма для заимствованных арабо-персидских имен (сравните: Абдуллин, Габдуллин), так что написание с двумя «л» — основное и правильное.

Носители фамилии, скорее всего, потомки мулл, учителей при мечетях или просто людей, получивших имя за благочестие. В дореволюционной России фамилия не давала никаких сословных привилегий — её обладатели были в основном крестьянами или мещанами. Встречается она нечасто: по открытым данным, в России живут несколько сотен человек с фамилией Мухлисуллин, что делает её редкой, но не исчезающей.

Корень «мухлис» роднит фамилию с однокоренными Мухлисов, Мухлисламов, Мухлисханов, но именно Мухлисуллин — самая точная и полная форма, сохранившая и религиозный компонент, и русское окончание.