Фамилия Мухлисуллина — редкий случай, когда в русском родовом именовании сохранилась почти без изменений арабская конструкция с двумя суффиксами. Её основа — мужское мусульманское имя Мухлисулла (араб. «искренний перед Аллахом», от «мухлис» — чистосердечный, преданный). Второй корень, «улла», — это стяжённая форма имени Всевышнего, так что имя буквально означает «тот, кто искренен в своей вере».

Если смотреть на модель образования, фамилия состоит из трёх элементов: корень Мухлис-, вставка -улл- (от араб. Аллах) и русский патронимический суффикс -ин, адаптированный под женский род окончанием -а. Мужской вариант — Мухлисуллин. Такая форма встречается в основном у татар и башкир, реже — у представителей других тюрко-мусульманских народов Поволжья и Приуралья. Двойной суффикс (арабский «улла» плюс русский «ин») — не редкость в этом регионе: по той же схеме образованы, к примеру, фамилии Габдуллин, Миннуллин, Хайруллин.

Примечательно, что в русской традиции имя Мухлисулла не получило широкого распространения — оно более характерно для арабского и персидского именослова. В татарской среде его могли давать в семьях с сильным религиозным уклоном, где ценили имена, прямо отсылающие к качествам верующего. Соответственно, предок носительницы фамилии был, скорее всего, человеком, известным своей набожностью, либо потомком муллы или учителя медресе, который взял себе это имя как духовное.

Есть и более прозаическая версия: в некоторых говорах «мухлис» могло стать прозвищем — так называли честного, открытого человека, которому доверяли. Но она менее вероятна, поскольку имя фиксируется в метрических книгах именно как личное, а не как уличное прозвище.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану и Башкортостану, отдельные носители встречаются в Оренбургской области и среди татарской диаспоры в Средней Азии. В дореволюционных записях её могли записывать через букву «х» или «ф» (Муфлисуллина), но арабский корень «х-л-с» (чистота, искренность) указывает именно на первый вариант как на исходный.