Фамилия Мухлынина образована от прозвища Мухлыня, и почти наверняка его дали предку за характер или поведение, а не за профессию. Основная версия связывает прозвище с глаголом «мухлять», у которого в народной речи было несколько значений: «делать как ни попало», «хитрить, лукавить», а также «ерошить, взбивать». Отсюда и разброс возможных характеров: Мухлыней могли назвать и вечно взъерошенного, непричесанного человека, и пройдоху-хитреца, и неумелого или ленивого работника, который всё делал тяп-ляп.

Менее очевидная, но тоже правдоподобная версия выводит Мухлыню из диалектного слова «махлай». В архангельских говорах так называли ушастую шапку. Если предок постоянно ходил в такой шапке, её вполне могли превратить в его уличное прозвище. Та же основа породила и «профессиональное» прочтение: не исключено, что Мухлыней дразнили не того, кто носил шапку, а того, кто её шил. Однако эта гипотеза слабее: прозвища по ремеслу обычно образовывались от названия самого ремесла (Шаповал, Скорняк), а не от предмета.

Сама фамилия закрепилась в женской форме Мухлынина, что типично для русских фамилий на -ин: так записывали жену или дочь Мухлыни. Мужской вариант — Мухлынин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мухлынин, то есть сын, потомок Мухлыни. Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, и она говорит о том, что фамилия сложилась в среде, где прозвища передавались от отца к детям без изменений, скорее всего, в крестьянской или посадской среде не позднее XVII–XVIII веков.

Интересно, что корень «мухл-» в русских говорах живуч и дал целое гнездо слов: от «мухлевать» (жульничать) до «мухлатый» (растрёпанный). Фамилия Мухлынина — редкий случай, когда одно прозвище вобрало в себя и небрежность, и хитрость, и внешний вид. Какую из черт предка подмечали окружающие, теперь уже не узнать, но выбор корня говорит о метком народном слове, которое закрепилось за семьёй на века.