Скорее всего, прозвище Мухлыня восходит к глаголу «мухлять», имевшему несколько значений: «делать как ни попало», «хитрить, лукавить», «ерошить, взбивать». Следовательно, Мухлыней могли называть и взъерошенного, непричесанного человека, и мошенника, хитреца, а также неумелого или ленивого работника. Согласно другой версии, прозвище Мухлыня восходит к диалектному нарицательному «махлай», что в архангельских говорах имеет значение «ушастая шапка». В этом случае таким прозвищем могли прозвать человека, который ходил в такой шапке. Однако, прозвище Мухлыня может относится и к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека. Не исключено, что предок обладателя фамилии Мухлынина занимался пошивом шапок. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мухлыня, со временем получил фамилию Мухлынина.