Фамилия Мухлин — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа, «мухл-», не связана с насекомым «муха»: в древнерусском языке такого корня со значением «жук» или «мошка» в прозвищах не зафиксировано. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое пришло из другого языка.

Самая вероятная версия — еврейское происхождение. Фамилия Мухлин могла возникнуть от мужского имени Мохель (или Мохл) — варианта имени Менахем, которое в идише и ашкеназской традиции сокращалось до Мохл. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мохлин, то есть потомок Мохла. Со временем произношение могло измениться: Мохлин → Мухлин под влиянием акающих говоров (где «о» без ударения переходит в «а» или «у»). Такая модель типична для фамилий восточноевропейских евреев, особенно на территориях бывшей черты оседлости (Украина, Беларусь, Польша). В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -ин с основой на личное имя — один из самых распространённых способов образования фамилий в этой среде.

Менее распространённая гипотеза — топонимическое происхождение. Существуют населённые пункты с похожими названиями: например, деревня Мухлино в Псковской области или село Мухлин в Польше (Muhlin). В этом случае фамилия могла указывать на выходца из такого места. Однако суффикс -ин в русских топонимических фамилиях чаще встречается в форме -ский (Мухлинский), а форма Мухлин без окончания -ский для таких случаев нетипична. Поэтому эта версия слабее.

Что касается социального контекста: если фамилия действительно еврейского происхождения, её носители в XIX веке в Российской империи относились к мещанскому или купеческому сословию, реже — к ремесленникам. Среди Мухлиных не было дворянства или крестьян-земледельцев в массе — это характерно для фамилий, возникших в местечковой среде.

В написании фамилии встречаются варианты: Мухлин, Мухлина (женская форма), а также более редкое Мохлин. Встречаемость фамилии невысока: по данным переписей, она сосредоточена в основном в центральных и южных регионах России, а также в Израиле и США среди потомков эмигрантов.