Фамилия Мухлинов — одна из тех, чья основа не лежит на поверхности, и сразу понять, от какого слова она произошла, непросто. В ней нет очевидного географического или профессионального корня, поэтому разбор стоит начать с суффикса и модели образования.

Фамилия образована по самой распространённой русской модели: к основе добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Это значит, что в основе лежит нецерковное имя или прозвище — Мухлин. Само прозвище, скорее всего, связано с диалектным или старым словом «мухля» — так в некоторых русских говорах называли муху, а также неспокойного, надоедливого или суетливого человека. В переносном смысле «мухля» могло означать хитреца или того, кто «мухлюет», то есть жульничает, но это значение закрепилось в языке позже. Правдоподобнее версия, что прозвище дали человеку с беспокойным, «мушиным» характером.

Суффикс -ин в фамилии Мухлинов отсутствует, что важно: если бы основа заканчивалась на -а или -я (например, Мухля), мы бы получили Мухлин. Но здесь мы видим Мухлин-ов, что указывает на основу мужского рода — Мухлин. Возможно, первоначально существовала фамилия Мухлин (от прозвища Мухля), а потом, по аналогии с другими фамилиями, её переоформили в более стандартную форму Мухлинов, или же прозвище Мухлин было самостоятельным.

Географически фамилия редкая и не имеет ярко выраженного ареала. Встречается в центральных и южных областях России, но в малых количествах. Это говорит о том, что род мог быть немногочисленным или происходить из одного села, где прозвище закрепилось за конкретной семьёй. В сословном отношении вероятнее всего крестьянское или мещанское происхождение: фамилии на -ов от прозвищ редко давали дворянам, которые чаще получали фамилии по географическим названиям или от знатных предков.

В итоге: Мухлинов — это «сын Мухлина», а Мухлин — человек, которого в старину прозвали за суетливость или беспокойный нрав «мухлей». Никаких сложных исторических слоёв, но зато живая картинка из быта предков.