Фамилия Мухомедяров звучит необычно, и причина этому — её корень. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от канонических христианских имён (Иван, Пётр, Василий), эта восходит к мусульманскому имени Мухаммед (или его тюркским вариантам). На слух носителя русского языка она могла бы ассоциироваться с грибом мухомором, но этимологически это абсолютно разные вещи. Основа фамилии — личное имя Мухомедяр, популярное в тюрко-татарской среде, где «Мухаммед» (восхваляемый) соединилось с персидским компонентом «яр» (друг, возлюбленный, сподвижник). Таким образом, Мухомедяр — это «друг (или сподвижник) Мухаммеда», имя с яркой религиозной окраской.

Фамилия образована по классической русской патронимической модели: к основе Мухомедяр добавили суффикс -ов. В русском языке суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Мухомедяров, то есть сын или потомок Мухомедяра. Такая модель была универсальной для всех сословий, когда фамилию давали по имени отца.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и Башкортостану. Именно среди татар и башкир имя Мухомедяр (и его варианты — Мухаметьяр, Мухаммадьяр) было распространено, а после принятия русской системы фамилий в XIX веке закрепилось в документах. Встречаются разные написания: Мухамедьяров, Мухаммадьяров. Вариант через «о» (Мухомедяров) — результат местного произношения или особенностей записи в метрических книгах, где гласные в безударном положении часто смешивались.

По сословной принадлежности предки Мухомедяровых, скорее всего, относились к государственным или ясачным крестьянам, реже — к купечеству или духовенству. Дворянство среди носителей этой фамилии — редкость, так как основная масса татарских и башкирских фамилий на -ов/ев не была связана с получением дворянского титула. Фамилия не указывает напрямую на род занятий, но говорит о вероисповедании предка: он был мусульманином, носившим имя, прославляющее пророка.