Фамилия Мухояров — один из тех случаев, когда корень слова почти кричит о прозвище, но разобраться в его точном значении стоит внимательно. Основа здесь — «мухояр». Так в старых русских говорах называли пёструю, рябую ткань, чаще всего домотканую, из льна или шерсти с примесью. Слово тюркского происхождения (от «муха» — пёстрый, и «яр» — полосатый, пёстрый), оно пришло в русский язык через торговлю восточными материями. Соответственно, Мухояром могли прозвать либо ткача, либо торговца такой тканью, либо человека, который постоянно носил пёструю одежду и получил за это уличное прозвище.

Суффикс «-ов» указывает на стандартную русскую модель образования фамилии по отчеству: Мухояров — сын Мухояра. То есть сначала было личное прозвище Мухояр, а затем оно закрепилось как наследственное имя. Интересно, что фамилия не слишком частая, но встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в бывших Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях — как раз в зоне активного домотканого производства и торговли.

Есть и вторая, менее распространённая версия, которую иногда выдвигают: связь с тюркским именем Мухаяр (от «мухаммад» и «яр» — друг, возлюбленный). Но она слабее, потому что в русской среде адаптация восточных имён обычно давала формы вроде Мухаметов или Мухаев, а «мухояр» как название ткани было хорошо известно в быту. Поэтому прозвище по роду занятий или внешнему признаку — наиболее вероятный путь возникновения фамилии.

В дореволюционных документах фамилия фиксируется с разным написанием: встречается как Мухояров, так и Мухояровъ, а в редких случаях — Мухояров-ский, что могло указывать на двойную фамилию после перехода из другого сословия. Сословный состав носителей был пёстрым: от государственных крестьян до купцов, но дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет — значит, предки были из податных сословий, что подтверждает «ремесленный» корень.