Фамилия Мухоярова — одна из тех, что заставляет задуматься: что за «муха» и что за «яр»? Ответ лежит не в прямом значении этих слов, а в прозвище, которое дали человеку. В основе фамилии лежит тюркское слово «муха» (или «мух»), которое в русских говорах и в контакте с тюркскими языками могло означать не насекомое, а «слугу», «раба» или «мальчика-слугу». Вторая часть — «яр» — распространённый тюркский корень со значением «крутой берег», «обрыв», «овраг», а также в переносном смысле «возлюбленный», «друг». Однако в фамилиях, образованных по такой модели, «яр» чаще выступает как часть прозвища, указывающая на место жительства или характер местности.

Таким образом, Мухояр — это, скорее всего, прозвище человека, жившего у «мушиного яра» (оврага, где было много мух) или, что вероятнее, прозвище слуги, который жил у обрыва или оврага. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Мухояров — сын Мухояра. Женская форма Мухоярова закрепилась за женой или дочерью такого человека.

Фамилия редкая и имеет ярко выраженную региональную привязку. Она характерна для Поволжья, особенно для территории бывшей Казанской губернии и соседних областей, где столетиями жили рядом русские, татары, чуваши и марийцы. Взаимопроникновение языков давало такие необычные гибриды: тюркская основа и русский патронимический суффикс. Не исключено, что предок Мухояровых был крещёным татарином или чувашом, получившим русскую фамилию по прозвищу.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов, в этой необычна сама основа. Она не от имени (Иван — Иванов) и не от профессии (Кузнец — Кузнецов), а от сложного прозвища, которое могло звучать иронично или описывать конкретный бытовой контекст. Сравните с фамилиями Муханов, Мухин — они тоже восходят к прозвищу «муха», но у Мухоярова дополнительный элемент «яр» привязывает прозвище к месту. Это делает фамилию не просто «мушиной», а топографической — указывающей, где именно жил человек с таким прозвищем.