Фамилия Мухыев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичной основы-имени или названия профессии, поэтому её разбор требует внимания к диалектам и тюркскому влиянию.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища или имени Мухы́й. Суффикс -ев указывает на русскую модель патронимии: «чей?» — Мухыев, то есть сын или потомок Мухыя. Само слово «мухы́й» в русских говорах (особенно южных и волжских) могло означать «замарашка», «неопрятный человек» — от диалектного глагола «мухать» (пачкать, грязнить). В этом случае предок получил прозвище по небрежности в одежде или работе.

Вторая, не менее вероятная версия — тюркские корни. У народов Средней Азии и Поволжья распространено личное имя Мухи́ (араб. «избранный», «отборный»), часто в форме Мухий. В русской среде такое имя адаптировали через суффикс -ев, получив фамилию Мухыев. Поддерживает эту гипотезу и география: фамилия встречается в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области — регионах с давними тюрко-славянскими контактами.

Не стоит путать фамилию с похожей на слух Мухаев. У Мухаева основа — тюркское имя Муха (от араб. «Мухаммад»), а у Мухыева — иная огласовка и, возможно, иной корень. В фамилии Мухыев ударение, скорее всего, падает на второй слог: Мухы́ев.

Социальный состав носителей в прошлом определить сложно из-за редкости фамилии. Но если исходить из прозвищной версии, предок мог быть крестьянином или ремесленником, получившим бытовое прозвище. Если верна тюркская версия — фамилия могла принадлежать выходцам из мусульманской среды, принявшим православие или жившим в смешанных поселениях.