Фамилия Муксеев — редкий пример, где основа почти наверняка не славянская, а тюркская или финно-угорская. В русских фамилиях суффикс -ев обычно указывает на принадлежность («чей?»), но корень «мукс» в русском языке не встречается. Самое правдоподобное объяснение — прозвище от названия рыбы муксун, которая водится в сибирских реках (Обь, Енисей, Лена). В диалектах сибирских старожилов слово «муксей» или «муксуй» могло обозначать либо самого муксуна, либо человека, который его ловит или торгует им. Так что предок Муксеевых, скорее всего, жил в Сибири, на севере или Урале, и его промысел — рыболовство — дал фамильное прозвище.

Менее вероятная, но возможная версия — от тюркского личного имени Муксин (арабского происхождения, означает «благодетель»). В тюркских языках звук «с» мог перейти в «к» в просторечии, а русский суффикс -ев превратил имя в фамилию. Однако форма «Муксеев» для такого имени нехарактерна: обычно получались фамилии вроде Муксинов или Мухсинов. Версия с рыбой выглядит проще и логичнее, особенно если учесть, что фамилия Муксеев встречается в основном в регионах, где муксун — традиционный объект лова: в Архангельской области, Якутии, Красноярском крае.

В центральной России фамилия практически не фиксируется, что тоже говорит о её северном или сибирском происхождении. Социальный статус первых носителей — скорее всего, крестьяне-промысловики или казаки из сибирских острогов, которые получали прозвища по роду занятий. Фамилия недворянская, нестарая: такие «рыбные» прозвища оформлялись в фамилии в основном в XVIII–XIX веках, когда крестьян начали массово записывать в ревизские сказки. Других однокоренных фамилий (Муксунов, Муксинов) мало, и они редки — это дополнительно указывает на локальный, диалектный характер основы.