Фамилия Мулекнов — редкий случай, когда основа слова не лежит на поверхности и заставляет задуматься, от какого корня её образовали. В русской модели фамилий суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Мулекна). Но вот само имя или прозвище «Мулекно» в современных источниках не встречается, поэтому приходится собирать версии по крупицам.

Скорее всего, в основе лежит тюркское мужское имя, адаптированное русским суффиксом. В татарском, башкирском или казахском языках есть корень «мөлк» (мюльк) — «имущество, владение, собственность». От него могли образовать уменьшительную или ласкательную форму «Мөлек» (Мулек), а затем, по народной русской модели, добавили суффикс -н- и окончание -о, получив прозвище «Мулекно» — то есть «маленький владелец» или «сынок хозяина». Фамилия Мулекнов тогда буквально означает «потомок того, кого звали Мулек».

Другая, менее вероятная версия отсылает к диалектному русскому слову. В некоторых говорах «мулек» — это мелкая рыба, малёк, или же ленивый, неповоротливый человек. Но в таком случае фамилия скорее писалась бы через «а» — Малекнов, а суффикс -н- в прозвище «Мулекно» для русского уха звучит искусственно. Поэтому тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия Мулекнов тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили рядом русские и тюркские народы. Встречается она нечасто, что тоже говорит в пользу локального, а не массового происхождения: скорее всего, фамилия закрепилась за одним родом в конкретной деревне или слободе, а не разошлась широко.

Социальный контекст типичен для крестьянских и мещанских фамилий XIX века: предки Мулекновых были, вероятно, государственными или ясачными крестьянами, которые получили фамилию по имени или прозвищу главы семьи при переписях. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, и это нормально — большинство русских фамилий именно такие, бытовые и честные.