Фамилия Мулькамонов — редкая и неочевидная для русского уха. Её основа и суффикс указывают на восточное, скорее всего тюркское, происхождение, а окончание -ов выдаёт адаптацию в русской среде (чаще всего через крещение или переход в православие). Чтобы понять корень, надо разобрать имя или прозвище Мулькаман, от которого фамилия и образована.

Самый вероятный источник — тюркское составное имя Мулла-Каман или Мулла-Камиль. Первая часть «мулла» (от араб. «господин», «учитель») хорошо знакома в исламской культуре как обозначение духовного лица или грамотного человека. Вторая часть может восходить к арабскому «камиль» — «совершенный» или к тюркскому «каман» (лук, оружие). В народной речи слияние дало форму Мулькаман, где звук «а» после «л» стянулся. Таким образом, прозвище Мулькаман могло означать «совершенный мулла» или «мулла с луком» — второе звучит как прозвище воина, совмещавшего религиозные и ратные занятия.

Менее правдоподобная, но возможная версия — от тюркского «мульк» (владение, имущество, от араб. мульк). Тогда Мулькаман — «владеющий имуществом» или «хозяин», а фамилия указывала на зажиточного человека. Однако эта гипотеза слабее, поскольку форма «Мулькаман» редко встречается в старых документах как прямое обозначение собственника.

Географически фамилия Мулькамонов тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары, башкиры и другие тюркские народы, активно контактировавшие с русскими. В метрических книгах XIX века такие фамилии нередки среди крещёных татар, которые получали фамилию по имени отца — в данном случае по отцу Мулькаману. Суффикс -ов вместо тюркского -улы или -оглы — прямое свидетельство русификации.

В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от основ на -а/-я, Мулькамонов следует стандартной модели отчества: Мулькаман + -ов. Это значит, что предок носителя фамилии с большой вероятностью был крещёным, так как у мусульманских народов фамилии в современном виде стали массово появляться только после переписи 1897 года, а у русских — на несколько веков раньше.

Прямых указаний на дворянское или купеческое происхождение нет. Скорее всего, первые носители были государственными или ясачными крестьянами, возможно, служилыми татарами. Сегодня фамилия остаётся очень редкой, встречается в основном в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области.