Фамилия Муллажанов образована от имени Муллажан, которое типично для тюрко-мусульманской среды Средней Азии, Поволжья и Урала. Основа здесь двойная: «мулла» (от арабского mawla — господин, учёный, служитель культа) и «жан» (персидское جان — душа, жизнь, а в именах — ласкательный компонент, вроде «дорогой»). Таким образом, имя Муллажан можно перевести как «дорогой, как мулла» или «душа муллы» — составные имена с «жан» были популярны среди татар, башкир, казахов и других народов исламского мира.

Фамилия строится по русской патронимической модели: к восточному имени Муллажан добавляется русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Муллажанов буквально означает «потомок Муллажана». Это характерный пример адаптации нерусского имени в российскую фамильную систему, особенно в XIX–XX веках, когда многие тюркские народы получали фамилии через прибавление -ов/-ев к отцовскому имени.

Интересно, что в отличие от фамилий вроде Муллин или Муллагулов, где основа «мулла» стоит отдельно, здесь она смягчена ласкательным суффиксом. Такое имя могли дать сыну в семье, где отец был муллой, или же просто как благочестивое пожелание — чтобы ребёнок вырос учёным и уважаемым человеком. Встречаются варианты написания Муллажанов и реже Муллажанов, но ударение в большинстве случаев падает на предпоследний слог.

Географически фамилия распространена среди татар, башкир, а также у казахов и узбеков, попавших в зону русского административного учёта. Сословно носители могли быть как из духовного сословия (муллы и их дети), так и из крестьян или мещан, принявших фамилию по отцу. Точных статистических данных о распространённости фамилии в открытых источниках нет, но она встречается преимущественно в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях.