Фамилия Муллажонов — яркий пример того, как тюркские языки и исламская культура сформировали фамильную модель в Средней Азии. Её основа — слово «мулла» (от арабского мауля — «господин», «владыка»), которое в тюркской среде стало обозначать мусульманского священнослужителя, грамотного человека, знатока Корана. Второй корень — «жон» (в русской транскрипции часто передаётся как «джон» или «жон») — восходит к персидскому «джан», что значит «душа», «жизнь», а в составе имён и фамилий играет роль ласкательно-уважительного компонента, вроде «дорогой» или «любимый». Таким образом, Муллажон — это составное личное имя, которое можно перевести как «дорогой, как мулла» или «почтенный, словно мулла». Фамилия Муллажонов образована по русской модели: к основе Муллажон добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, который в Средней Азии прижился как стандартный способ русификации местных фамилий в советский период.

Эта фамилия почти не встречается за пределами Узбекистана, Таджикистана и юга Кыргызстана. Она типична для оседлого узбекского и таджикского населения Ферганской долины. В отличие от многих русских фамилий, которые закрепились за крестьянскими родами, Муллажоновы изначально были выходцами из духовного сословия или из семей, где грамотность и знание религии ценились особенно высоко. Интересно, что в дореволюционное время носители такого имени часто не имели фамилии в современном смысле: Муллажон было личным именем или уважительным прозвищем, а отчество строилось по другой схеме. Фамилия появилась только в 1920–1930-е годы, когда советская власть массово выдавала паспорта и требовала единообразной записи.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Муллажонов стоит в одном ряду с Муллаевым, Муллабаевым и просто Муллаевым. Разница в суффиксе: -жонов указывает на конкретное имя предка, а не на профессию. То есть Муллажонов — это буквально «сын (потомок) Муллажона», тогда как Муллаев может означать и «сын муллы» (от тюркского притяжательного суффикса). Встречается также вариант написания с буквой «д» — Мулладжонов, но он менее распространён и скорее отражает особенности местного произношения, где звук «дж» может смягчаться.

Сегодня фамилия Муллажонов не даёт прямой подсказки о роде занятий её носителя, но её происхождение ясно говорит о том, что предки были людьми уважаемыми в своей общине — либо служителями культа, либо просто глубоко верующими и образованными. В советское время многие носители этой фамилии, как и другие выходцы из духовных семей, уходили в светские профессии — становились учителями, врачами, инженерами, что стёрло профессиональную привязку, но оставило культурный маркер.