Фамилия Мунякина — женская форма фамилии Мунякин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Муняка. Сама основа «Мун-» в русской ономастике неоднозначна и допускает несколько трактовок, причём ни одна из них не является очевидно главной.

Проще всего допустить, что Муняка — это производная форма от канонического имени Емельян (разговорное Емеля) или, реже, от Мануил. В диалектах «муня» или «муняка» могло означать нечто вялое, медлительное или капризное — слово созвучно глаголу «мундить» (медлить, тянуть) и прилагательному «мундышный» (упрямый), которые фиксируются в северных и сибирских говорах. Если так, то прозвище Муняка дали человеку с соответствующим характером — нерасторопному или своенравному.

Есть и более экзотическая версия, связанная с географией. Фамилия могла возникнуть на стыке культур: в тюркских языках «мун» (mün) переводится как «беда, горе, страдание», а в некоторых диалектах — «родинка, метка». Однако для русского фамильного суффикса «-ин», который крепится к основам на -а/-я, более естественно славянское происхождение прозвища. Скорее всего, предок носительницы фамилии был просто человеком с необычным прозвищем Муняка, которое могло быть как уменьшительным от имени, так и насмешливым бытовым именованием.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Мунякин — сын Муняки, то есть «чей?» — Мунякин. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей не позднее XVII–XVIII веков. Фамилия редкая, и её носители, вероятнее всего, происходят из северных регионов России или Поволжья, где диалектная лексика с корнем «мун-» встречается чаще.