Фамилия Мурафа образована от аналогичного прозвища, которое восходит к топониму Мурафа — это название села, расположенного в Винницкой области Шаргородского района (Украина). Кроме того, известно, что в Подольской области Ямпольского районе встречаются местечки Старая и Новая Мурафа, которые фактически составляют одно селение, разделенное течением р. Таким образом, можно предположить, что предок обладателя Мурафа был уроженцем одного из этих населенных пунктов.