Фамилия Муратбакиев — одна из тех, что рассказывает о своих носителях больше, чем кажется на первый взгляд. Её основа — составное арабско-тюркское имя Муратбакы. Первая часть, «Мурат», восходит к арабскому «мурад» — «желанный», «цель», «стремление». Вторая часть, «бакы» (от арабского «баки»), означает «вечный», «бессмертный», «остающийся». Вместе имя давало пожелание, чтобы ребёнок был «желанным навсегда» или «вечной целью», что в мусульманской традиции звучало как благословение на долгую и осмысленную жизнь.

С точки зрения словообразования фамилия следует классической русской модели, но с необычным суффиксом. К основе «Муратбакы» добавили патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Получилось «Муратбакиев» — буквально «сын Муратбакы». Такая схема типична для русификации тюркских и кавказских имён в XIX—XX веках: русская администрация записывала отчество отца как фамилию, и это закреплялось в документах.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где смешались тюркские и персидские культурные традиции. Скорее всего, предки Муратбакиевых происходили из Средней Азии (Узбекистан, Таджикистан) или из тюркоязычных областей Кавказа и Поволжья. Встречается она и у башкир, и у татар, но именно двухкорневая конструкция «Мурат + бакы» чаще фиксируется в антропонимиконе народов, испытавших сильное влияние персидской литературы, где «Баки» — один из эпитетов Аллаха.

Интересно, что в отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от простых имён (Муратов, Бакиев), здесь сохранилась двусоставная структура имени-основы. Это не случайность: имя Муратбакы не было распространено повсеместно, его давали в семьях, где ценили сложные, «книжные» имена с религиозным подтекстом. Поэтому носители фамилии Муратбакиев, вероятно, происходят не из крестьянской глубинки, а из среды грамотных мусульман — мулл, торговцев или ремесленников, живших в городах вдоль Великого шёлкового пути.

Встречаются варианты написания с одной «к» — Муратбакиев, и с удвоенной — Муратбакиев. Второй вариант — результат адаптации при записи в паспортных столах, где пытались передать долготу звука в оригинале. Но этимологически верно написание через одну «к», так как в основе «бакы» нет удвоения.