Фамилия Муртазаалиев образована от тюркского мужского имени Муртазаали. Первая из них восходит к имени Муртаза, которое в переводе с арабского означает «выбранный, избранный; излюбленный, любимый». Вторая часть ведет свое начало от имени Али, диалектной формы арабского имени Гали – «высокий, возвышенный, человек высокого звания, высокого достоинства». Имя Али носил четвертый калиф мусульман, двоюродный брат пророка Мухаммета. Таким образом, потомок человека, которого звали Муртазаали, со временем получил фамилию Муртазаалиев.