Фамилия Мусафир — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это указывает на позднее оформление или на то, что носитель фамилии не был крепостным крестьянином, а принадлежал к среде, где фамилии фиксировались в том виде, в каком их давали.

Основа фамилии — арабское слово «мусафир» (مسافر), которое значит «путник», «путешественник», «странник». В тюркских языках, через которые это слово попало в обиход народов Поволжья и Кавказа, оно сохранило то же значение. Прозвище Мусафир могли дать человеку, который много странствовал — торговцу, паломнику, либо чужаку, пришлому человеку, осевшему на новом месте. В татарской и башкирской среде такое прозвище встречалось, и фамилия Мусафир распространена именно у татар и башкир.

Встречается вариант Мусафиров — уже с русским патронимическим суффиксом, который «пришивали» к нерусским основам при переходе в православие или при записи в ревизские сказки. Но форма без суффикса — Мусафир — более архаичная и говорит о том, что фамилия закрепилась в мусульманской среде, где патронимические русские окончания не были обязательны.

Фамилия редкая, её география — в основном Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается и у крымских татар. С точки зрения социального контекста, предки носителей фамилии Мусафир могли быть купцами, извозчиками или просто людьми, которых в деревне запомнили как «пришлых» — отсюда и прозвище, ставшее родовым именем.