Фамилия Мусагитова происходит от мужского имени Мусагит, которое восходит к арабскому корню со значением «удачный», «успешный», «тот, кому привалило счастье». Называя сына таким именем, родители закладывали в него пожелание удачи и благополучия на всю жизнь. Фамилия отвечает на вопрос «чей?» и означает «дочь или потомок Мусагита».

Сама модель образования типична для русской ономастики: к основе Мусагит добавлен притяжательный суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на женский род. В таком виде фамилия закрепилась за женщинами, тогда как мужской вариант — Мусагитов. Подобные парные формы характерны для многих тюркских и мусульманских фамилий, которые адаптировались в русской среде через патронимическую схему.

Имя Мусагит — не самое частое в арабском именослове, что делает фамилию относительно редкой. Встречается она преимущественно у народов Поволжья и Урала — татар, башкир, отчасти казахов, где арабские имена через исламскую традицию вошли в обиход ещё в домонгольскую эпоху. В башкирской среде фамилия бытует в формах Мусагитов и Мусагитова, а в татарской нередко пишется с мягким знаком — Мусагитов/Мусагитова, хотя смысл остаётся тем же.

Стоит различать Мусагитовых и однозвучные фамилии вроде Мусатовых или Мусиных. Если Мусатов восходит к греческому имени Матфей через народную форму Мусат, а Мусин — к арабскому Муса (Моисей), то Мусагитов имеет самостоятельную основу и не пересекается с ними ни по корню, ни по истории. Путаница возникает лишь из-за похожего звучания первого слога.

Процесс закрепления фамилии шёл долго. У тюркских народов отчества на -ов/-ев стали массово фиксироваться в документах только в XIX веке, после введения всеобщей переписи и паспортной системы. До этого Мусагитовы могли жить под именами дедов и отцов без устойчивой фамильной формы. Поэтому точное место и время возникновения конкретного рода Мусагитовых можно установить лишь по архивным метрическим книгам и ревизским сказкам — генеалогическое исследование здесь даст ответы надёжнее, чем общие рассуждения.

В современной России фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также в диаспорах за пределами страны. Носительницы фамилии — чаще всего потомки тех самых Мусагитов, чьи предки получили имя с пожеланием удачи, и это пожелание, по сути, осталось зашифрованным в каждом паспорте.