Фамилия Мусахитов — яркий пример того, как тюркское имя, пройдя через русскую словообразовательную модель, превратилось в фамилию, понятную носителю русского языка. Корень здесь — мужское личное имя Мусахит (или Мусахид), которое восходит к арабскому «муджахид» — «борец за веру», «воин», «совершающий усилие» (отсюда же известное слово «моджахед»). В татарской и башкирской среде это имя давали с надеждой на стойкость и мужество сына.

Суффикс -ов однозначно указывает на обрусение фамилии в XVI–XIX веках, когда тюркские народы Поволжья и Приуралья массово получали фамилии по русскому образцу. Сначала закрепилось отчество: «чей сын?» — Мусахитов, то есть потомок Мусахита. Интересно, что в самой татарской традиции фамилия могла бы звучать как Мусахитов, Мусахитов — ударение в исходном имени падает на последний слог, но в русском произношении оно часто смещается.

Географически фамилия плотнее всего встречается в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области — зонах расселения казанских татар и башкир. Сословно предки Мусахитовых чаще всего были государственными крестьянами или тептярами (сословие, сочетавшее элементы крестьянства и военной службы). В метрических книгах XIX века Мусахитовы нередко записаны в деревнях Мензелинского и Бирского уездов.

Есть и более редкая версия, связывающая фамилию с профессией. В некоторых тюркских диалектах «мусахыт» могло означать «переписчик», «писец» (от арабского «мусаххих» — «корректор», «выверяющий»). Но это предположение менее убедительно: имя Мусахит как личное зафиксировано в дореволюционных источниках гораздо чаще, чем прозвище по роду занятий.