Фамилия Мусаковкий — одна из тех, чей разбор начинается с неожиданного препятствия. В ней сразу бросается в глаза финаль «-кий», характерная для польских, украинских, белорусских и еврейских фамилий, но при этом основа «Мусаков-» не даёт однозначной этимологии. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Мусаковский, где при записи произошла утрата одного «с» или упрощение — явление нередкое в документах XIX века, когда писарь записывал фамилию на слух. В таком случае исходная форма — Мусаковский, а корень — «Мусак» или «Муса».

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским или арабским именем Муса (библейский Моисей в исламской традиции). Суффикс «-ак» в тюркских языках часто придаёт уменьшительно-ласкательное или прозвищное значение: Муса + -ак = Мусак, то есть «маленький Муса» или «сын Мусы». Затем к этой основе добавился славянский суффикс принадлежности «-ов-» (чей? — Мусаков), а финальное «-ский» указывает на дворянское или шляхетское происхождение либо на связь с местом. Таким образом, Мусаковкий — это «принадлежащий роду Мусаковых» или «выходец из поселения Мусаково».

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла образоваться от названия населённого пункта — например, деревни Мусаково или Мусаковка. Такие топонимы встречаются в Беларуси и на западе России, часто от имени первопоселенца. В этом случае фамилия указывает на географическое происхождение: «тот, кто из Мусаково».

С точки зрения социального статуса, фамилии на «-ский» в Российской империи чаще носили дворяне, духовенство или казаки, реже — крестьяне, получившие фамилию по месту жительства. Поэтому предки носителя фамилии Мусаковкий могли быть либо мелкопоместными шляхтичами (особенно если корни ведут в Речь Посполитую), либо священниками, либо казаками, записанными по хутору.

Написание «Мусаковкий» вместо «Мусаковский» может быть не ошибкой, а диалектной или канцелярской особенностью. В некоторых говорах (особенно южнорусских и украинских) «-ский» произносится как «-цкий» или «-кий», что и отражалось на письме. Таким образом, фамилия в её нынешней форме — это живое свидетельство того, как устная речь корректировала официальные документы.