Фамилия Мусалеева — женская форма фамилии Мусалеев, и в ней ключ к разгадке лежит не в суффиксе (стандартный -ев, указывающий на принадлежность: «чей?» — Мусалеев), а в основе. Основа «Мусалей» — это не славянское имя, а тюркское или арабо-мусульманское, переработанное на русской почве.

Самая вероятная версия: Мусалей — это народная, «обрусевшая» форма имени Муса, арабского аналога библейского Моисея. В тюркской среде к имени часто добавляли аффикс -лей/-лы, который мог придавать ласкательный или уменьшительный оттенок (как в именах Ахмадлей, Исламлей). Таким образом, Мусалей — это «маленький Муса», «Муса-сынок». Фамилия, образованная от такого имени, означала: сын (или дочь) человека по прозвищу Мусалей.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с тюркским словом «мусала» — так называли молитвенный коврик или место для намаза. В этом случае прозвище Мусалей мог получить набожный человек или тот, кто изготавливал такие коврики. Однако для русского фамильного суффикса -ев такая основа нехарактерна, поэтому версия с именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Мусалеев встречается в Поволжье, особенно в Татарстане и Башкортостане, а также среди татарской диаспоры. Есть и русские носители, что объясняется многовековым соседством и смешанными браками. Исторически предки Мусалеевых были, скорее всего, крестьянами или мещанами, принявшими фамилию по отцу во время всеобщей паспортизации в XIX веке.

В написании фамилии возможны варианты: Мусалеев, реже Мусалиев (с другим суффиксом). Двойное «а» в корне (Мусаалеев) — ошибка, так как имя Муса пишется с одной «с».