Фамилия Мусаликина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах раньше и прочнее мужской, и именно с неё стоит начинать разговор. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Мусалика → Мусаликин. Вопрос в том, что такое «Мусалика» и откуда взялось это имя или прозвище.

Самая вероятная версия отсылает к крестильному имени Муса. Это народная форма церковного имени Моисей (древнееврейское «взятый из воды»). У восточных славян, особенно в южнорусских и украинских говорах, имя Моисей упрощалось до Мусей, Муса, а уменьшительно-ласкательный суффикс -ика давал форму Мусалика. Такой способ образования — от канонического имени через ряд суффиксов — типичен для фамилий крестьянского и мещанского сословия XVII–XIX веков. Человек по прозвищу Мусалика, скорее всего, был сыном или внуком некоего Мусы, и его потомки получили фамилию Мусаликины.

Вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований, связывает фамилию с тюркскими корнями. В языках Поволжья и Средней Азии «муса» означает «пророк Моисей» (через арабское посредничество), а суффикс -лика может быть вариантом -лык, образующим прилагательные. В таком случае Мусалика — человек, имеющий отношение к Мусе, возможно, почитатель или служитель. Однако для русской фамильной модели суффикс -ика скорее уменьшительный, чем определительный, поэтому версия с крестильным именем выглядит логичнее.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где смешивались русское и тюркское население: Нижегородская, Самарская, Оренбургская области, Татарстан. Там же встречаются однокоренные фамилии Мусаев, Мусин, Мусатов. Отличие Мусаликиной в том, что она сохранила редкую уменьшительную форму — так в быту могли звать одного конкретного человека, чьё потомство и унаследовало это прозвище как фамилию. Мужская форма — Мусаликин — встречается реже, но образована по тому же правилу: от основы Мусалик- плюс фамильный суффикс -ин.