Фамилия Мусеибова — женская форма от мужской фамилии Мусеибов, которая образована от личного имени Мусеиб. Это имя восходит к арабскому Мусаиб (мусаиб) — «тот, кто попадает в цель», «меткий стрелок». В более широком смысле имя могло означать «удачливый» или «находящий верное решение». Корень имени связан с понятием точности и правильности, что в мусульманской культуре часто трактовалось как божественное предопределение или удача.

Фамилия имеет ярко выраженный азербайджанский или, шире, тюрко-кавказский характер. Суффикс -ов (-ова) в фамилиях народов Закавказья и Северного Кавказа — это русифицированная модель, возникшая в XIX–XX веках при оформлении фамилий по русскому образцу. В самой азербайджанской среде фамилия могла бы звучать как Мусеибли или Мусеибзаде, но в документах Российской империи и СССР закрепилась именно форма с -ов.

Географически фамилия Мусеибова наиболее распространена в Азербайджане, а также среди азербайджанской диаспоры в России и Турции. Встречается она и у других народов, испытавших влияние азербайджанской культуры, например у талышей или лезгин, но это скорее исключение. В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имен (Иванов, Петров), здесь основа — арабское имя, которое пришло через исламскую традицию.

Любопытная деталь: в арабском языке имя Мусаиб (с ударением на второй слог) имеет вариант произношения с долгим «у» — Мусайиб, что может влиять на написание фамилии. Встречаются варианты Мусаибова или Мусеибова — это связано с передачей арабской фонетики через русскую графику. Но основная, документально закреплённая форма — с буквой «е» после «м», что отражает местное произношение.

Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были людьми, получившими имя в честь качества меткости или удачливости. Никаких указаний на сословную принадлежность фамилия не даёт — её могли носить и крестьяне, и горожане, и представители духовенства. В советское время фамилия не подвергалась переделке и сохранила исходную форму.