Фамилия Мусепов — яркий пример того, как географическая привязка и этническое происхождение предков напрямую «прописались» в родовом имени. Её основа — тюркское имя Мусеп (вариант произношения имени Юсуф, то есть Иосиф, в казахской и башкирской среде). В этих языках звук «й» в начале слова часто переходит в «м» или вовсе опускается, а «с» может озвончаться. Так арабское Юсуф превратилось сначала в Йосып, а затем в местных диалектах — в Мусеп или Мусiп.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, которая была массово усвоена тюркскими народами в XIX веке при проведении переписей и паспортизации. Таким образом, Мусепов — это «сын Мусепа», то есть потомок человека по имени Мусеп. Фамилия могла возникнуть как у оседлых татар и башкир, так и у казахов в тех регионах, где шла активная русификация документооборота (Оренбуржье, Западный Казахстан, Астраханская губерния).

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь мы видим исламскую линию имени Иосиф. В Коране Юсуф — один из самых почитаемых пророков, поэтому имя было популярно во всех тюрко-мусульманских культурах. Следовательно, предок носителя фамилии мог быть не просто ремесленником или крестьянином, а человеком, получившим имя в честь библейско-коранического героя, что говорит о религиозной традиции в семье.

Встречаются и более редкие варианты написания — Мусипов, Мусапов. Они отражают местные особенности произношения: в одних говорах гласный звук в корне звучал как «и», в других — как «а». Но именно форма Мусепов фиксируется как наиболее частая в метрических книгах и ревизских сказках по Уфимской и Оренбургской губерниям. Носители этой фамилии сегодня живут преимущественно в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области и в северных районах Казахстана, что полностью совпадает с ареалом бытования исходного имени.