Фамилия Мусейко — яркий пример украинской модели фамилий, образованных с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ейко. Этот суффикс характерен для восточных и центральных регионов Украины и часто присоединялся к основам крестильных имён или прозвищ. В основе фамилии лежит имя Мусий — народная форма канонического имени Моисей. Таким образом, Мусейко — это буквально «маленький Мусий» или, по распространённой модели, потомок человека по имени Мусий.

Имя Моисей (через греческое посредство) в украинской народной среде давало множество производных: Мусий, Мусей, Мусенко, Мусиенко. Фамилия Мусейко стоит в одном ряду с такими, как Андрейко, Дмитрейко, Иванейко, где суффикс -ейко выполнял ту же функцию, что и более распространённое -енко, — указывал на родство. Разница в том, что -ейко придаёт форме отчётливый ласкательный оттенок, поэтому в прошлом такое прозвище могло закрепиться за младшим членом семьи или за человеком невысокого роста.

Географически фамилия Мусейко тяготеет к Черниговщине, Полтавщине и соседним областям, где суффикс -ейко особенно типичен. Встречается она и в Беларуси, но там её могли записать иначе — Музейко. Встречаются варианты написания с одной «с» (Мусейко) и с двумя (Муссейко), но первый вариант исторически более точен, так как отражает произношение имени Мусий.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Мусейко могли быть и казаками, и крестьянами, и мещанами. Никакой связи с музыкой или музами здесь нет — это чисто ономастический случай, когда внешнее звучание обманчиво. Корень исключительно антропонимический, библейский, прошедший через народную переработку.