Фамилия Мущенко, вероятнее всего, представляет собой фонетический вариант фамилии Мушенко, которая, предположительно, восходит к именованию Муша. Оно в свою очередь может являться краткой формой имени Мария. Этимология этого имени доподлинно не известна. По одгной из версий, оно в переводе с древнееврейского означает «горькая», «желанная». По другой версии оно переводится как «безмятежная». Не исключено, что фамилия Мушенко образована от мирского Муха. Вероятно, именование Муха было связано с символическим значением, которое имело это насекомое. Муха обычно ассоциировалась у славян со злыми богами и порчей. Это насекомое олицетворяло сверхъестественные силы, по большей части негативного воздействия. Скорее всего, имя Муха относится к охранительным именованиям. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Муха. Так, в Книге памяти Белгородской области записан Мущенко Артем Антонович (родился в 1871 году в с. Великомихайловка Курской области). В Книге памяти Хабаровского края указан Мущенко Павел Андреевич (родился в 1906 году в с. Тамаровка Курской области).