Фамилия Мушкачев — из числа тех, что построены по самой распространённой в русском языке модели: основа плюс суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого или шипящего согласного). Основа здесь — «Мушкач». Это не церковное имя, не календарное, а прозвище или, что вероятнее, усечённая форма крестильного имени.

Разберёмся с корнем. «Мушка» в южнорусских и украинских говорах — это мошка, мелкое насекомое. Человек мог получить прозвище Мушка за маленький рост, юркость, назойливость или, наоборот, за безобидность. Но суффикс -ач в русской антропонимии часто указывает на деятеля или носителя признака: «мушкач» — тот, кто связан с мушкой, например, ловец мошек, или же человек, которого постоянно сравнивают с этим насекомым. В белорусском языке «мушкач» могло означать и просто «маленький, мелкий парень».

Есть и вторая, не менее правдоподобная версия. Мушкач — это производная форма от канонического имени Михаил. В народной речи имя дробилось на десятки вариантов: Михей, Миша, Мишка, Михал, а в украинской и польской среде — Мушка, Мушко, Мушкевич. Отсюда Мушкач — как Мишкач или Михальчук. Суффикс -ач в этом случае играет роль патронимического (сын Мушки). Тогда Мушкачев — это «сын Мушкача», то есть внук или потомок человека по имени Мушка (Михаил). Эта версия подкрепляется тем, что фамилии на -ачев (-ач + -ев) в основном образовывались именно от личных имён и прозвищ на -ач.

Географически фамилия Мушкачев тяготеет к югу России, особенно к Ростовской области, Краснодарскому краю и Волгоградской области. Встречается она и на Украине, откуда, скорее всего, и пошла. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались в основном среди казачества и крестьян. Это не дворянская фамилия — в родословные книги она не попала, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.

Интересная деталь: у фамилии есть орфографический вариант Мушкачов, который встречается в старых документах. Разница в ударении и написании (через «о») указывает на то, что в говорах исходное прозвище могло звучать и как Мушкач, и как Мушкач — с ударением на последний слог. В современной норме закрепился вариант Мушкачев.