Фамилия Мушкаева ведет свое начало от мужского имени Мушкай, широко употребляющегося у татарского, кабардино-балкарского и других народов. Оно является диалектным вариантом имени Муштари. Это имя имеет арабское происхождение и используется как нарицательное в двух значениях: «Юпитер (планета)» и «пайщик, компаньон». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Мушкаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.