Фамилия Мушкачёва — женская форма фамилии Мушкачёв. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Мушкач. Слово «мушка» в русских говорах имело несколько значений: от уменьшительного от «муха» до обозначения мелкой монеты, ямочки на лице или даже ласкательного обращения. Суффикс «-ач» в восточнославянских фамилиях часто указывал на деятеля или носителя яркого признака, придавая основе оттенок активного действия или свойства. Таким образом, Мушкач — это человек, связанный с «мушкой»: возможно, тот, кто ловил мух, имел привычку прищуриваться (как от мухи) или обладал заметной родинкой (мушкой) на лице.

Фамилия образована по распространённой модели: основа + суффикс принадлежности «-ёв» (фонетический вариант «-ев» после шипящего под ударением). Такие фамилии типичны для русского населения, особенно для бывших крестьянских и мещанских сословий центральных и южных губерний. Географически фамилия Мушкачёв встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда, но чаще фиксируется в документах Курской, Воронежской и Ростовской областей, что может указывать на южнорусские корни прозвища.

Ономаст Б. Унбегаун в своём труде «Русские фамилии» относит подобные образования к группе фамилий от прозвищ, образованных с помощью продуктивных суффиксов «-ач», «-яч». В отличие от фамилий от крестильных имён, Мушкачёв — «говорящая» фамилия, которая прямо описывает внешность, занятие или манеру поведения предка. Не стоит путать её с фамилией Мушкетов (от «мушкет» — оружие) или Мушкатин (от южного названия винограда): корень здесь именно бытовой, «мушиный».