Фамилия Мушкаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Мушкаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Мушкаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Мушкаев образована от тюркского имени Мушкай, которое означает «камень». Однако имя Мушкай может представлять собой уменьшительную форму арабского имени Муштари, которое переводится как «планета Юпитер» или же «пайщик, компаньон». По другой версии, в основе фамилии лежит языческое эрзянское имя Мушкай, что значит «волк». Давая младенцу такое имя, как Мушкай, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён волк. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Мушкаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Мушкаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.