Фамилия Мушкарев — один из тех случаев, когда прозвище, лёгкое и почти невесомое, закрепилось в официальном родовом имени. В её основе лежит слово «мушка» — так в старину называли не только мелкое насекомое, но и небольшую тёмную родинку, веснушку или искусственную чёрную точку на лице, которую в XVIII веке приклеивали модницы. Однако корни фамилии, скорее всего, уходят глубже, в народную бытовую речь.

Большинство ономастов сходится во мнении, что прозвище Мушкарь или Мушка давали человеку с заметной родинкой или веснушками. В русских говорах «мушка» — это ещё и «пестрина», «крапинка», так что прозвище могло указывать на рябоватость лица. Но есть и более редкая версия: в некоторых диалектах «мушка» означала «мелкая рыбёшка» или «мотыль» — в таком случае прозвище мог получить рыбак или человек, торгующий наживкой. Третья гипотеза связывает фамилию с тюркским словом «мушкар» (подарок, награда) — но это маловероятно для русской фамилии с суффиксом -ев, который типичен для прозвищ.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Мушкарев — сын Мушкаря. Такая модель образования характерна для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ев и -ов доминировали. Интересно, что в документах XVII века встречается форма «Мушкаров» — с суффиксом -ов, что говорит о вариативности написания в зависимости от местного произношения. Со временем закрепился именно вариант Мушкарев, возможно, под влиянием церковнославянской нормы.

Фамилия редкая, её географическое ядро — Волгоградская и Ростовская области, а также Ставрополье. В этих краях слово «мушка» бытовало в значении «родинка» особенно активно. Среди казачьего населения Дона и Кубани прозвища по внешним приметам давали часто, поэтому не исключено, что предки носителей фамилии были донскими или кубанскими казаками. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская — дворянские роды с такой фамилией в гербовниках не значатся.