Фамилия Мушкарин образована от прозвища Мушкарь, а в его основе лежит южнорусское или украинское слово «мушкарь» — так называли человека с рябым, испещренным мелкими пятнами лицом. Слово это родственно «мушка» (крапинка, веснушка) и восходит к той же основе, что и «муха»: мелкие темные точки сравнивали с мухами. Прозвище могли дать человеку с заметной веснушчатостью или следами оспы — в старину такие внешние приметы сразу закреплялись в бытовом имени.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мушкарин — «сын Мушкаря», «из рода Мушкарей». В русской ономастике фамилии на -ин типичны для основ, оканчивающихся на -а/-я, и в этом смысле Мушкарин стоит в одном ряду с Пупкиным, Козявиным или Рябининым. Модель образования простая и старая: прозвище отца без изменений становилось фамилией потомков.

С географией у фамилии любопытная особенность. По данным современных исследований, Мушкарины заметно чаще встречаются в Воронежской и Ростовской областях, а также в Краснодарском крае — то есть в зоне южнорусских говоров, где слово «мушкарь» было в ходу. В северных и центральных регионах фамилия редка, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение.

Встречается и другой вариант осмысления основы — от тюркского «мушкар» (сорт винограда) или от арабского «мушкара» (шутка, насмешка), но эти версии выглядят натянутыми. Фамилия не имеет следов татарского или кавказского влияния в распределении, а её прозрачная славянская этимология делает версию с «веснушками» основной.

Интересно, что у фамилии есть омограф — Мушкарин может быть формой от «мушкара» в значении «мушкатный орех» (через польское muszkat), но эта линия практически не прослеживается в русских документах. Так что если вы Мушкарин, ваш предок почти наверняка носил прозвище по внешности — рябой или веснушчатый человек, чья примета стала родовым именем.