Основой фамилии Мушкарова послужило мирское имя Мушкар. Мирское имя Мушкар образовано от аналогичного диалектного нарицательного, которое означает «мошкара», то есть «мухи, мошки, с четырьмя крылышками накрест». Давая младенцу такое имя, как Мушкара, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Мушкарова лежит не мирское имя, а прозвище Мушкара – так могли прозвать маленького, юркого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мушкар, со временем получил фамилию Мушкаров.