Фамилия Мушкаренко пришла с востока Украины или юга России — это типичный пример украинской фамилии, образованной по патронимической модели. Суффикс «-енко» в XVII–XIX веках был самым распространённым способом назвать сына по отцу: Мушкаренко буквально означает «сын Мушкаря» или «потомок Мушкаря».

Основа фамилии — прозвище Мушкарь. Его происхождение спорно, но наиболее убедительная версия связывает его с диалектным словом «мушкарь» — так в южнорусских и украинских говорах называли мелкую мушку или мошку. Прозвище могли дать человеку маленького роста, суетливому или с быстрыми, «летучими» движениями. Менее вероятная, но возможная трактовка — от тюркского «мушкар» (вид восточного наёмного воина), однако для украинского ареала это скорее исключение: фамилия крестьянская, а не казачья или татарская.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на «-енко» с корнями-именами (Иваненко, Петренко), Мушкаренко образована от прозвища, а не от крестильного имени. Это указывает на то, что родоначальник выделялся именно внешностью или поведением, а не происхождением от человека с именем Мушкарь (такого имени в святцах нет). Географически фамилия чаще всего встречается в Харьковской, Полтавской и Днепропетровской областях — зоне активного формирования украинских фамилий на «-енко» в XVIII–XIX веках.

Сословно носители фамилии почти всегда были крестьянами или мещанами. Дворянских родов Мушкаренко не зафиксировано — это фамилия простого люда, без громкой истории, но с ясной и живой этимологией.