Основой фамилии Мушкаринова послужило мирское имя Мушкара. Мирское имя Мушкара образовано от аналогичного диалектного существительного, которое означает «мошкара», то есть «мухи, мошки, с четырьмя крылышками накрест». Вероятно, именование Мушкара было связано с символическим значением, которое имели мухи. Они обычно ассоциировалась у славян со злыми богами и порчей. Это наскомое олицетворяло сверхъестественные силы, по большей части злые. Скорее всего, имя Мушкара относится к охранительным именованиям. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Мушкарой. Фактически фамилия Мушкаринова представляет собой отчество второго порядка: Мушкаринова - сын Мушкарина и внук Мушкары. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мушкара, со временем получил фамилию Мушкаринов.