Фамилия Мушкарева — женская форма фамилии Мушкарев. Зацепиться за неё стоит с суффикса: он здесь нестандартный. В русских фамилиях чаще встречается -ев или -ов, а -арев — более редкая модель. Она указывает, что основа фамилии оканчивалась на твёрдый согласный, но не на -а или -я. Скорее всего, в основе лежит слово «мушкарь».

Что такое «мушкарь»? Тут открывается простор для версий. Первая и самая прямая — прозвище, связанное с мушкой. Не с мухой, а с мушкетом. В русских говорах «мушкарь» могли называть стрелка из мушкета, то есть солдата или охотника, вооружённого этим ружьём. В XVII веке, когда на Руси появились полки «иноземного строя», слово «мушкетёр» прижилось, но в народной речи могло редуцироваться до «мушкарь». Тогда предок Мушкаревых — служилый человек, стрелец или солдат.

Вторая версия — прозвище от «мушка» (уменьшительное от «муха»). «Мушкарём» в диалектах могли назвать назойливого, суетливого человека или, наоборот, того, кто ловит мух — например, бортника, занимавшегося пчеловодством (мухи и пчёлы в народном сознании иногда смешивались). Но эта версия менее убедительна: суффикс -арь чаще указывает на деятеля по профессии или характерному признаку, а не на простое сходство с насекомым.

Третья, более редкая гипотеза — топонимическая. В некоторых областях бытовало слово «мушкара» — так называли мелкий лес, кустарник, заросли. Житель такой местности мог получить прозвище Мушкарь, а его потомки — фамилию Мушкаревы. Но в этом случае мы бы ожидали суффикс -ин (Мушкарин), а не -ев.

Фамилия Мушкарева встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Ростовской областях. Это косвенно подтверждает «военную» версию: именно в этих краях в XVII–XVIII веках активно селили служилых людей, в том числе бывших стрельцов и солдат. Встречаются и варианты написания — Мушкарёв (с буквой ё), что не меняет сути, но подчёркивает ударение на последний слог.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Мушкетов, Мушкетников, Мушкаров — то Мушкарев стоит особняком. У него нет прямого значения «оружейник» или «солдат», скорее это народное переосмысление официального термина. Так что с высокой вероятностью Мушкаревы — потомки тех, кто носил мушкет, а не тех, кто махал рукой, отгоняя мух.