Фамилия Мушкалов образована от прозвища или нецерковного имени Мушкал. В её основе лежит слово «мушка» — так в старых русских говорах называли не только насекомое, но и небольшой предмет, точку, крапинку, а также ласковое обращение к маленькому ребёнку. Прозвище Мушкал могли дать человеку невысокого роста, юркому или тому, кто носил одежду в мелкий горошек. Однако есть и более конкретная версия: в некоторых диалектах «мушкалом» называли рыбака, использующего особую снасть — мушку, искусственную приманку. Тогда предок носителя фамилии мог быть рыболовом, знавшим толк в ловле нахлыстом.

Модель образования — суффикс -ов, самый распространённый в русских фамилиях, указывающий на принадлежность: «сын Мушкала». Интересно, что фамилия встречается не повсеместно, а тяготеет к южным и центральным регионам России, особенно к бывшим казачьим областям. В реестре Войска Донского XVII–XVIII веков попадаются Мушкаловы, что подтверждает связь с донскими казаками, среди которых было много прозвищ по ремеслу или внешности.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых метрических книгах можно найти Мушкалёв, с ударением на последний слог. Это связано с тем, что в некоторых говорах суффикс -ов произносили как -ёв. Но основная форма закрепилась через «о». Сравните с однокоренными фамилиями: Мушкин, Мушкатов — они тоже идут от «мушки», но с разными суффиксами, что говорит о независимом возникновении в разных семьях.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Мушкалова пытаются связать с тюркским словом «муш» (кулак) или «мушкул» (трудный), но это маловероятно: фамилия явно славянская по словообразованию, а тюркские заимствования обычно дают другие модели, например, Муштаев. Так что основная и самая правдоподобная линия — от русского прозвища, связанного либо с внешностью, либо с рыбной ловлей.